为避免出现抗药性，台湾卫福部食药署6日公告，明年7月起，粪肠球菌以及屎肠球菌，不得作为食品原料，影响最大的食品以益生菌为主。若未来被发现食品含两菌种，最高可罚300万元。越来越多人爱吃益生菌保养肠道，不少业者从人体粪便中或是肠道中分离出「粪肠球菌」以及「屎肠球菌」作为食品原料，食药署食品组副组长魏任廷表示，根据研究，两者也可能从环境中分离出，由于两种菌种都是原生在肠道中，过去认为若是直接补充两种菌种，可以让肠道维持正常运作，广泛被使用在乳酸菌饮料、益生菌产品中。
但近年欧盟提出警讯粪肠球菌及屎肠球菌因结构与抗生素类似，可能会携带抗生素的抗药性。服用后，抗药性会存在于人体，并在体内产生机转，将抗药性感染致其他体内的原生菌种，使抗药性的问题逐渐扩大，服用后会对抗生素产生抗药性，导致生病时医生恐无药可用，魏任廷表示，第一次预告时原定要全面禁用，但粪肠球菌以及屎肠球菌是体内菌的总称，业者反应并不是所有的粪肠球菌以及屎肠球菌都带抗药性，经过讨论以及第二次预告后今正式定案，若是业者能证明粪肠球菌以及屎肠球菌没有抗药性等，经过申请公告得以作为食品原料使用。
魏任廷表示，明年7月起生产制造的所有食品，都不得含有粪肠球菌以及屎肠球菌，违者将依违反食安法，开罚3万元以上、300万元以下罚锾。
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